Há muitos anos a destinação do lixo em Mateus Leme vem sendo tema de denúncias e polêmicas. Em 2016, houve denúncia de descarte irregular de resíduos do cemitério, dentre eles, coroas de flores, madeiras de caixão e vasos de plantas, no aterro sanitário. Pouco tempo depois, no aterro, foi encontrado lixo hospitalar.
Como a questão continua sem solução, o município foi interpelado pelo Ministério Público do Meio Ambiente por desconformidade com o Marco legal do Saneamento. A cidade está dentre as onze de Minas Gerais, únicas da Região Sudeste, que descartam lixo de maneira irregular, segundo um levantamento feito pela Associação Brasileira de Tratamento de Resíduos e Efluentes.
Com o novo Marco Legal do Saneamento Básico em vigor desde 15 de julho de 2020, os chamados lixões deveriam ser extintos e as capitais e os municípios que fazem parte de regiões metropolitanas tinham até o dia 2 de agosto deste ano para destinar de maneira correta o lixo.
Segundo o estudo da Abetre, das 337 cidades brasileiras que continuam descartando resíduos de maneira inadequada, onze delas são do Sudeste, e todas de Minas Gerais: Mateus Leme, Bonfim, Funilândia, Inhaúma, Santa Bárbara, Baldim, Açucena, Bom Jesus do Galho, Bugre, Joanésia e Vargem Alegre.
Em Mateus Leme, lixo produzido pelos moradores vai para o aterro controlado. São cerca de 20 toneladas de resíduos sólidos despejados, por dia, no local, que não tem destinação correta para o chorume e nem cobertura adequada para o lixo, que deveria ficar debaixo da terra.
O município, no entanto, apresentou um plano municipal para lidar com essa situação, e agora tem até 2024 para encerrar as atividades no aterro. Conforme já noticiado, com as mudanças, surge também a preocupação com a renda de quem sobrevive da reciclagem. No aterro de Mateus Leme, trabalham cerca de 20 famílias de catadores.