A definição de que o Enem acontecerá nos dias 17 e 24 de janeiro de 2021, na versão impressa, e em 31 de janeiro e 7 de fevereiro na modalidade digital, trouxe também a preocupação da realização do exame, resguardando os alunos dos riscos de contaminação da Covid-19. Segundo o Ministério da Educação, somadas as duas categorias, cerca de 5,7 milhões de estudantes vão fazer Enem 2020.
Para minimizar a possibilidade de contágio entre os candidatos e os demais envolvidos na aplicação das provas, o MEC refez os editais do Enem impresso e digital, informando uma série de medidas que serão adotadas, dentre elas, a proibição de os candidatos terem acesso ao local de provas após o fechamento dos portões e sem a máscara de proteção. Quem desrespeitar a norma, será eliminado do exame.
Durante a identificação, será necessária também a higienização das mãos com álcool em gel próprio ou fornecido pelo aplicador e a ida ao banheiro será permitida desde que o participante seja acompanhado pelo fiscal, respeitando a distância prevista nos protocolos de proteção contra a Covid-19. Quanto a vistoria dos lanches, será feita a revista eletrônica, por meio do uso de detector de metais e só será permitida a retirada da máscara para alimentação, prosseguida da higienização das mãos com álcool em gel.